با نرم‌افزار NAMD و VMD؛

بسته آموزشی غیرحضوری «شبیه‌سازی دینامیک مولکولی» در سایت آموزش نانو ارائه شد

بسته آموزشی غیرحضوری «شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار NAMD و VMD» در سایت آموزش نانو ارائه شد.

کد خبر: ۸۶۹۹۹۱

چهارشنبه - ۲۹ مرداد ۱۳۹۹ / August 19, 2020

به گزارش گروه فناوری خبرگزاری دانشجو، بسته آموزشی غیرحضوری «شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار NAMD و VMD»، از تاریخ ۲۸ مردادماه در اختیار کاربران قرار گرفت. این بسته شامل دو دوره مقدماتی و پیشرفته است که مجموعاً شامل ۷٫۵ ساعت ویدیوی آموزشی است. فایل‌های نرم‌افزاری و مثال‌ها در اختیار شرکت‌کنندگان دوره قرار می‌گیرد. همچنین امکان ثبت‌نام به صورت مجزا در هر دوره وجود دارد. آزمون پایان دوره، ۱۶ الی ۲۳ شهریورماه برگزار خواهد شد و شرکت‌کنندگانی که موفق به کسب نمره بالای ۵۰ درصد شوند، گواهی پایان دوره را دریافت می‌کنند.

این بسته آموزشی شامل دو دوره مقدماتی و پیشرفته است که مجموعاً شامل ۷٫۵ ساعت ویدیوی آموزشی است. همچنین فایل‌های نرم‌افزاری و مثال‌ها در اختیار شرکت‌کنندگان دوره قرار می‌گیرد و امکان ثبت‌نام به صورت مجزا در هر دوره وجود دارد، آزمون پایان دوره، ۱۶ الی ۲۳ شهریورماه برگزار خواهد شد و شرکت‌کنندگانی که موفق به کسب نمره بالای ۵۰ درصد شوند، گواهی پایان دوره را دریافت می‌کنند.

شبیه‌سازی دینامیک مولکولی در مقیاس نانو (NAMD) یک نرم‌افزار کامپیوتری برای شبیه‌سازی دینامیک مولکولی است که با استفاده از مدل برنامه‌نویسی موازی ++Charm نوشته شده است؛ با توجه به بازده موازی و کارایی بالای این نرم‌افزار، اغلب از آن برای شبیه‌سازی سیستم‌های بزرگ (شامل میلیون‌ها اتم) و سیستم‌های بیومولکولی استفاده می‌شود. این نرم‌افزار در سال ۱۹۹۵ توسط نلسون و همکارانش به‌عنوان برنامه دینامیک مولکولی موازی ارائه شد که در کنار برنامه گرافیکی VMD قادر به شبیه‌سازی بود.

VMD برای مدل‌سازی، تجسم و تجزیه و تحلیل سیستم‌های زیستی نظیر پروتئین‌ها، نوکلئیک اسید‌ها و لایه‌های لیپیدی طراحی شده است؛ از آنجایی که این نرم‌افزار می‌تواند فایل‌های بانک داده پروتئین استاندارد (PDB) را بخواند و ساختار دربرگیرنده آن‌ها را نمایش دهد، می‌توان از آن برای مولکول‌های متداول‌تر نیز استفاده کرد. VMD از روش‌های مختلفی برای نمایش و رنگ‌آمیزی مولکول‌ها استفاده می‌کند و می‌تواند برای متحرک‌سازی و آنالیز شبیه‌سازی دینامیک مولکولی نیز استفاده شود. به‌صورت خاص این نرم‌افزار به‌عنوان نمای گرافیکی یک برنامه شبیه‌سازی دینامیک مولکولی استفاده می‌شود و قادر است تحرک مولکول را تحت شرایط شبیه‌سازی به‌صورت متحرک به نمایش درآورد.