توسعه نرم افزار EMD براي شبيه سازي رفتار نانو مكانيكي مولكول DNA

به گزارش گرره علمي «خبر گزاري دانشجو»، نرم افزارEMD كه درگروه ماده چگالي نرم دانشكده فيزيك دانشگاه صنعتي شريف تدوين شده براي شبيه سازي مولكول هاي بيضوي شكل مانند سيستم هايي شامل ذرات كريستال مايع با شكل هاي غير كروي آماده شده  و اين نرم افزار در سايت اين گروه به آدرس https://softmatter.cscm.ir قابل دسترس است.

همچنين، در اين طرح آرمان فتحي زاده موفق به گسترش دامنه كاربرد اين نرم افزار براي استفاده در شبيه سازي ديناميك جسم صلب براي سيستم هاي درشت دانه تبديل شده و گسترش اين نرم افزار امكان استفاده از نرم افزار براي سيستم هاي پليمري كه تا قبل از اين در emd وجود نداشت را ايجاد كرده است.

 

لازم به ذكر است، امكان در نظر گرفتن پيوندهاي شيميايي ميان نقاط مختلف ذرات مدل، افزودن ميدانهاي نيروي موثر و هارمونيك بين دو جفت باز مجاور براي شبيه سازي خواص مكانيكي dna، امكان در نظر گرفتن اندركنش الكتروستاتيك در محيط هاي محلول با غلظت هاي يوني متفاوت و ايجاد يك محيط گرافيكي براي ساختن ساده تر فايل هاي ورودي نرم افزار براي شبيه سازي dna بخشي از امكانات اضافه شده به نرم افزار است./انتهاي پيام/