رهبر شهید در کنار شهید چمران و سپس در جایگاه ریاستجمهوری، نقش مهمی در جنگ تحمیلی ۸ ساله ایفا کردند
محمدعلی صمدی، پژوهشگر تاریخ دفاع مقدس در گفتگو با SNNTV:حضرت آقا در آغاز جنگ تحمیلی به عنوان نماینده امام در شورای عالی دفاع منصوب شدند و در کنار شهید دکتر چمران در مدیریت جبههها نقشآفرینی کردند.در روزهای ابتدایی جنگ، با حضور در خوزستان و اهواز، همراه با شهید چمران ستاد جنگهای نامنظم را تشکیل دادند.در عملیات سوسنگرد در آبان ۱۳۵۹ نقش مؤثر و جدی در پشتیبانی از جبههها ایفا کردند.پس از ترور شهید چمران، بنا به نظر امام خمینی(ره) مدتی از حضور مستقیم در جبههها منع شدند.در ماههای پایانی جنگ، با کسب اجازه از امام خمینی(ره)، در خطوط مرزی از شمال تا خوزستان حضور یافته و به رزمندگان روحیه میدادند.