با شبيه سازي ديناميك مولكولي، مدل سه بعدي ساختار سم عقرب ارائه شد

 به گزارش گروه علمي و آموزشي «شبکه خبر دانشجو»، 1 K-HEFUTOXINجزء سم هاي عقرب مسدود كننده كانال هاي پتاسيم در غشا بوده كه از عقرب گونه Heterometrus Fluvipes استخراج مي شود. اين يپتيد 22 اسيد آمينه اي داراي ويژگي ساختاري منحصر به فردي است كه آن را از سم هاي ديگر متمايز مي كند.

دكتر محبوبه ضرابي با بيان اين مطلب افزود: ساختار دوم اين يپتيد، داراي دو مارپيچ آلفا مي باشد كه با دو پيوند دي سولفيد به يكديگر متصل شده اند، جهت شناسايي ميانكنش اين سم با كانال هاي پتانسيل فعال شونده با ولتاژ (3، 1 ، 2، 1و 1،1 کيلو ولت در اين مطالعه، از نرم افزار DOCK- D 3 استفاده کرديم، همه ساختارهاي سم مورد نظر، در شبيه سازي مورد مطالعه قرار گرفت و نتايج نشان داد كوچكترين تغيير در ساختار سم قادر است، در شناسايي محل ميانكنش و همچنين اتصالات سم با كانال يوني تاثير گذارد.

وي در ادامه گفت:1 K-HEFUTOXIN در بخش خارجي كانال هاي پتانسيم قرار گرفته و قادر است با برخي از اسيد آمينه هاي موجود در ساختار مارپيچ آلفاي خود با كانال ميانكنش دهد.

دكتر ضرابي در تشريح نتايج اين پژوهش كه در قالب رساله دكتراي تخصصي وي انجام و ارائه شده، تصريح كرد: نتايج شبيه سازي نشان داد در ميانكنش سم هاي باردار مفني با كانال هاي يوني حضور ميانكنش هاي ئيدروفوبي اهميت ويژه اي داشته و وجود آنها براي پايداري اتصالات در طول زمان ضروري است.

نتايج شبيه سازي ديناميك مولكولي و اتصال مولكولي نشان داد كه مدل سه بعدي ارائه شده از ساختار سم در ميانكنش باكانال هاي پتاسيم، مدل مناسب و قابل قبولي بوده و مي تواند در طراحي هدفمند داروها و عوامل مسدود كننده كانال هاي پتاسيمي كمك موثري کند.

لازم به ذکر است، اين پژوهش با راهنمايي دكتر حسين نادري منش در دانشكده علوم پايه دانشگاه تربيت مدرس انجام شد./انتهاي پيام/