علی طیب‌نیا از سوی دولت و حامیانش به عنوان یکی از چهره‌های موفق کابینه یازدهم معرفی می‌شد اما در اتفاقی عجیب از معرفی دوباره برای وزارت بازماند.
روزنامه وقایع اتفاقیه درباره این اتفاق عجیب نوشت: غیبت علی طیب‌نیا، وزیر اقتصاد در کابینه دوازدهم، حاشیه‌ساز شد. با اعلام اسامی وزرای پیشنهادی برای تشکیل کابینه دولت دوم حسن روحانی، نبود نام او، تعجب بسیاری را با خود همراه کرد.
این تغییر، صداهای مخالف بسیاری را بلند کرد؛ مخالفانی که معتقد بودند کرباسیان، صلاحیت چندانی برای نشستن روی کرسی وزارت امور اقتصاد و دارایی را ندارد و او از اقتصاد چیز زیادی نمی‌داند.
طیب‌نیا مشکل قلبی دارد؟ این پرسشی است که پس از حضور مشاور رئیس‌جمهوری در برنامه «چوب خط» در ذهن‌ها شکل گرفت. اکبر ترکان در این برنامه تلویزیونی، در مورد علت عدم حضور طیب‌نیا در کابینه دوازدهم گفت: «دکتر طیب‌نیا علم بسیار زیادی در علوم اقتصادی دارد و از کرباسیان، وزیر پیشنهادی کابینه دوازدهم نیز سواد بیشتری دارد اما مشکل قلبی طیب‌نیا باعث شد که وی از حضور در کابینه دوازدهم انصراف دهد و معاون او جایگزینش شود.» او همچنین در پاسخ به این سؤال که آیا کرباسیان همچون طیب‌نیا می‌تواند موفقیت دولت را در مهار و کنترل تورم دنبال کند، یادآوری کرد: «اکنون شرایط کشور به گونه‌ای است که شاید برای ایجاد رونق اقتصادی، دولت از مهار تورم کوتاه بیاید و با آزاد‌گذاشتن آن، شرایط را برای رونق در اقتصاد کشور مهیا کند.»
گفته‌های دبیر شورای عالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی، از وضعیت سلامتی وزیر اقتصاد را که مانع حضور او در کابینه دوازدهم شده است منابع آگاه پاسخ دادند. یک منبع آگاه در وزارت اقتصاد با تکذیب مشکل قلبی طیب‌نیا به «مهر» گفت: «علت اینکه روحانی، دکتر طیب‌نیا را در لیست پیشنهادی کابینه دوازدهم به‌عنوان وزیر اقتصاد قرار نداد، مشکل جسمی ایشان نبوده است.»
او با یادآوری اینکه طیب‌نیا در دیداری که مدتی قبل با رئیس‌جمهوری داشتند،
درخواست‌هایی را جهت هماهنگی بیشتر تیم اقتصادی در دولت دوازدهم مطرح
کردند، توضیح داد: «گویا تحقق این خواسته‌ها از نظر رئیس‌جمهوری امکان‌پذیر
نبوده یا به مذاق ایشان خوش نیامده است.»
محسن جلال‌پور رئیس سابق اتاق بازرگانی نیز در یادداشتی ضمن تمجید از
طیب‌نیا خاطرنشان کرد: تنها ایراد طیب‌نیا شاید کم‌تجربگی‌اش در تنظیم برخی
مناسبات بود. شاید حرف‌هایی را زد که نباید می‌زد. شاید دست به قلم‌هایش
به موقع نبود و شاید هم از دید بزرگان، کم «هماهنگ» بود.
از سوی دیگر روزنامه آفتاب یزد، از اخراج طیب‌نیا خبر داده و نوشت: طیب‌نیا سهم پررنگی در موفقیت‌های اقتصادی دولت داشت. اما از چند ماه قبل منابع خبری از نبودن وی در کابینه جدید خبر دارند شاید یکی از مهم‌ترین دلایل این موضوع، عدم هماهنگی تیم اقتصادی دولت یازدهم بود. برخی منابع، یکی از منتقدان طیب‌نیا را محمدباقر نوبخت سخنگوی دولت و رئیس سازمان برنامه و بودجه می‌دانند. ضمن اینکه مسعود نیلی مشاور ارشد اقتصادی رئیس‌جمهور و محمد نهاوندیان رئیس دفتر اقتصاددان رئیس جمهور در دولت یازدهم نیز به لحاظ نگاه و بینش اقتصادی، قرابت فکری چندانی با طیب‌نیا نداشتند. در واقع این افراد بیشتر از حامیان اقتصاد نئوکلاسیک و بازار آزاد بودند و طیب‌نیا یک اقتصاددان نهادگرا بود که به رغم اعتقاد راسخ به تقویت بخش خصوصی با نگاه و بینش نوبخت، نهاوندیان و نیلی فاصله داشت.