الف- سیاست داخلی:
همگن کردن اعضای کابینه
همراهی و همکاری وزرا و معاونان رئیس‌جمهور را می‌توان از مهم‌ترین چالش‌های دولت از بدو تشکیل آن تا به امروز دانست. شاید موفقیت دولت در تمام زمینه‌های فرهنگی، اقتصادی، اجتماعی و به‌ویژه سیاسی و سیاست خارجی منوط به همراهی و یکدستی کابینه دولت باشد؛ نکته‌ای که شاید به دلیل عدم وجود آن در تیم اقتصادی دولت یازدهم به‌عنوان یکی از نقاط ضعف آن از سوی کنشگران معرفی می‌شد.
تعامل و ارتباط با احزاب
یکی از چالش‌های پیش روی دولت دوازدهم پاسخگویی به مطالبات گروه‌ها و جناح‌های سیاسی است. دوقطبی شدن انتخابات و پیروزی حسن روحانی با حمایت اصلاح‌طلبان به نوعی شعار فراجناحی بودن دولت وی را کاملا تحت تاثیر قرار داده و این روزها برخی افراد جامعه خصوصا بدنه نزدیک به اصلاح طلبان دولت وی را با عنوان اصلاح‌طلبی می‌شناسند. این رویه موجب شده در دولت دوازدهم طیف‌های نزدیک به اصلاح‌طلبان سهم بیشتری از دولت روحانی طلب کنند. طلبی که به نظر می رسد حداقل در معرفی کابینه وصول نشده است.
جامه عمل پوشاندن به شعار آزادی بیان
آزادی بیان تنها شعار واحد تمام روسای جمهور بعد از پیروزی انقلاب اسلامی است؛ شعاری که بعضا در تناقض با رفتار برخی از روسای‌جمهور بوده است. در همین راستا هرچند روحانی در شعارهای انتخاباتی خود وعده آزادی بیان و اجازه نقد خود را می‌داد، در دولت یازدهم با طرح برخی مواضع تند و توهین به منتقدان و شکایت از روزنامه‌ها و رسانه‌ها شاید کمی از این شعار فاصله گرفت. از همین رو انتظار جامعه تحقق آزادی بیان در دولت دوم روحانی است.
حضور زنان در کابینه و وزارتخانه‌ها
بی‌شک یکی از مهم‌ترین چالش‌های پیش روی روحانی در مساله چینش کابینه دولت دوازدهم، موضوع حضور زنان در دولت بود که حواشی بسیاری داشت. گرچه سهم‌خواهی از رئیس‌جمهوری برای حضور حزبی و جریانی در کابینه به زعم بسیاری از افراد مذموم است، همین افراد صحبت از افزایش سهم زنان در کابینه را از سهم‌خواهی‌های سیاسی جدا می‌کنند. در واقع می‌توان گفت جوانگرایی و افزایش سهم زنان در کابینه دوازدهم مطالبه عمومی بخشی از اصلاح طلبان از حسن روحانی است.
پارادوکس حفظ بدنه اجتماعی رادیکال و اعتماد‌سازی برای حاکمیت
اصلاح‌طلبان رادیکال جمعیتی هستند که حداقل دارای چهار تا پنج میلیون رای هستند که سال 84 از مصطفی معین حمایت کردند. حال این افراد از سال 92 همراه با روحانی شدند، از همین رو رئیس‌جمهور از سویی به دنبال اعتماد‌سازی و همراهی با حاکمیت است و از سوی دیگر به دنبال حفظ و از دست ندادن این بدنه اجتماعی.
ب- سیاست خارجی
اقدامات دولت جدید آمریکا و شخص دونالد ترامپ
رئیس‌جمهور جدید آمریکا، هم در زمان رقابت‌های انتخاباتی و هم پس از شروع به کار دولتش، موکدا نسبت به جمهوری اسلامی ایران و به‌ویژه توافق هسته‌ای‌اش با کشورهای عضو 1+ 5 موسوم به برنامه جامع اقدام مشترک(برجام) انتقاد کرده و بر لزوم بازنگری یا اصلاح آن و همچنین تشدید فشارها بر ایران تاکید کرده و می‌توان با جرات گفت که دولت جدید آمریکا در مقابل سیاست خارجی دولت روحانی است یا از سوی دیگر اگر به این قضیه نگاه کنیم سیاست خارجی روحانی به دموکرات‌ها نزدیک‌تر بود تا جمهوری‌خواهان. از همین رو سیاست خارجی ترامپ را می‌توان یکی از چالش‌های مهم دولت روحانی در چهار سال آینده دانست
بحران سوریه
در توطئه سیاسی گروه های تکفیری علیه دولت قانونی اسد که از سال 2011 شروع شد و تاکنون نیز ادامه دارد، پای ایران، روسیه و حزب‌ا... لبنان به‌عنوان حامیان محور مقاومت به میان کشیده شد. در این مدت جمهوری اسلامی ایران نشان داد در میدان نبرد در مقابل داعش که مورد حمایت عربستان، ترکیه و آمریکاست به‌عنوان دست برتر منطقه شناخته شده است و در همین راستا انتظار می‌رود در دوران پسا‌داعش دیپلماسی دولت جمهوری اسلامی ایران در راستای تحقق برآورده شدن خواست مردم سوریه باشد.
برجـام
برجام یا همان برنامه جامع اقدام مشترک مهم‌ترین شناسه دولت یازدهم است اما با روی کار آمدن دولت جدید آمریکا و برخی از سیاستمداران اروپایی برجام امروز در نقطه قابل اتکایی برای دولت قرار ندارد . موفقیت یا برهم خوردن آن شاید یکی از نگرانی‌های دولت است که برنامه‌های آینده رئیس‌جمهور را تحت‌الشعاع خود قرار می‌دهد.
تقویت تحرک اقتصادی دستگاه سیاست خارجی
کشورهای حوزه خلیج فارس بعضا ادعاهایی غیرمنطقی و مغایر با منافع ملی
کشورمان داشته یا در عرصه بحران‌های منطقه‌ای نظیر یمن و سوریه، رویکردی
غیرایرانی اتخاذ کرده‌اند. مباحث مربوط به عربستان از جمله درباره مسائل حج
و تجاوز به یمن و مساله رژیم حقوقی دریای خزر
از جمله موضوعاتی است که باید با درایت و حساسیت درباره آن اتخاذ تصمیم
شود و دولت باید با هوشیاری کامل به دنبال ارتباط مقتدرانه با کشورهای
همسایه به‌خصوص کشورهای عربی منطقه باشد.
تعامل با همسایگان به‌ویژه اعضای شورای همکاری خلیج‌فارس
کشورهای حوزه خلیج فارس بعضا ادعاهایی غیرمنطقی و مغایر با منافع ملی کشورمان داشته یا در عرصه بحران‌های منطقه‌ای نظیر یمن و سوریه، رویکردی غیرایرانی اتخاذ کرده‌اند. مباحث مربوط به عربستان از جمله درباره مسائل حج و تجاوز به یمن و مساله رژیم حقوقی دریای خزر از جمله موضوعاتی است که باید با درایت و حساسیت درباره آن اتخاذ تصمیم شود و دولت باید با هوشیاری کامل به دنبال ارتباط مقتدرانه با کشورهای همسایه به‌خصوص کشورهای عربی منطقه باشد.