پرسپولیس کار خود را در لیگ قهرمانان از دوحه قطر آغاز کرد. سرخپوشان در هفته اول به مصاف تیم پُر ستاره الدحیل رفتند و با نتیجه ۲ بر صفر مغلوب این تیم شدند. ادمیلسون جونیور و ماریو مانجوکیچ گلهای الدحیل را زدند. پرسپولیسیها در هفته دوم هم مقابل الشارجه متوقف شدند. علی علیپور هر ۲ گل قرمزها را زد.
از هفته سوم شرایط برای پرسپولیس فرق کرد. با وجود اینکه بازیکنان خوبی مثل علیرضا بیرانوند، مهدی ترابی و علی علیپور از این این جدا شدند اما شرایط نه تنها بد پیش نرفت بلکه خیلی هم خوب شد. بازیکنان جدید پرسپولیس به خوبی در تیم جا افتادند و عصای دست یحیی گل محمدی در این رقابتها لقب گرفتند.
پرسپولیس در هفته سوم با تک گل شجاع خلیل زاده مقابل التعاون به برتری رسید و در هفته چهارم با تک گل بشار رسن این نتیجه را مقابل نماینده عربستان تکرار کرد. سرخپوشان در هفته پنجم دوباره مقابل الدحیل تسلیم شدند و با حساب یک بر صفر مقابل یاران رامین رضاییان شکست خوردند. معز علی از روی نقطه پنالتی تک گل این بازی را به ثمر رساند. با این نتیجه سرنوشت شاگردان یحیی گل محمدی برای صعود به هفته پایانی کشیده شد.
پرسپولیس در هفته آخر با ۴ گل مقابل الشارجه به پیروزی رسید و با اقتدار به عنوان تیم اول راهی مرحله بعد شد. شجاع خلیل زاده، عیسی آل کثیر، وحید امیری و مهدی عبدی در این دیدار برای سرخپوشان گلزنی کردند. تیم پُر ستاره السد حریف پرسپولیس در مرحله بعد شد تا همه انتظار یک بازی سخت را مقابل شاگردان ژاوی داشته باشند. پیش بینیها درست از آب درآمد و بازی پرسپولیس و السد بسیار نزدیک دنبال شد اما گل عیسی آل کثیر در دقیقه ۸۸ حکم صعود نماینده کشورمان را امضاء کرد.
سپس پرسپولیس در مرحله یک چهارم نهایی باید به مصاف پاختاکور ازبکستان می رفت. پاختاکور موفق شده بود استقلال ایران را شکست دهد. این دیدار تحت تاثیر اخراج زودهنگام جلال الدین ماشاریپوف ستاره ازبکها قرار گرفت که دقیقه ۱۵ پس از تکل خشن روی پای بازیکن پرسپولیس از داور کارت قرمز گرفت. در ادامه شاگردان یحیی گل محمدی با ۲ گل عیسی آل کثیر حریف را شکست دادند.
پرسپولیس در بازی فینال لیگ قهرمانان آسیا در منطقه غرب حریف تیم باکیفیت النصر عربستان شد. عیسی آل کثیر به دلیل خوشحالی پس از گل جنجالی در دیدار با پاختاکور در فاصله چند ساعت مانده تا آغاز مسابقه محروم شد تا شوک بزرگی به سرخپوشان وارد شود اما دیگر بازیکنان پرسپولیس با تعصب خاصی مقابل نماینده عربستان ظاهر شدند. پس از تساوی یک - یک ۲ تیم در وقتهای معمول و اضافی، پرسپولیس در ضربات پنالتی حریف را شکست داد و به فینال لیگ قهرمانان آسیا صعود کرد.
از همان بازی نیمه نهایی مشخص شد که یحیی گل محمدی نمیتواند در مسابقه فینال از وحید امیری و احسان پهلوان به دلیل محرومیت استفاده کند. شجاع خلیل زاده هم این تیم را به مقصد الریان قطر ترک کرد تا شوک بزرگی به پرسپولیس وارد شود. جدایی خلیل زاده ضربه بزرگی به پرسپولیس وارد کرد زیرا این بازیکن یکی از کلیدی ترین نفرات سرخپوشان در راه رسیدن به فینال آسیا و قهرمانیهای متوالی در لیگ برتر بود. محرومیت آل کثیر هم بخشیده نشد تا گل محمدی با دست خالی به جدال با اولسان هیوندای کره جنوبی برود.
در بازی فینال که در الوکره برگزار شد پرسپولیس ابتدا با گل مهدی عبدی از حریف پیش افتاد اما خطای بد موقع احمد نوراللهی در ثانیههای پایانی نیمه اول این فرصت را به جونیور داد تا بازی را مساوی کند. در ابتدای نیمه دوم مهدی شیری یک خطای هند عجیب را در محوطه جریمه انجام داد تا VAR برای دومین بار به کمک اولسان بیاید. جونیور از روی نقطه پنالتی گل دوم را زد تا پرسپولیس باز هم در کسب عنوان قهرمانی لیگ قهرمانان آسیا ناکام بماند.