زندگی سراسر ننگین و کثیف این مرد، زمانی که مختار ثقفی در سال ۶۶ هجری برای خونخواهی ابا عبدالله الحسین قیام کرد، شمر از کوفه فرار کرد. یکی از غلامان مختار، به دنبال او رفت ولی شمر با ترفندی او را کشت و بعد به قریه دیگری فرار کرد و از آنجا هم باز به قریه «کلتانیه» تا اینکه سپاهیان مختار در آنجا، او را محاصره کردند. یاران شمر همگی پا به فرار گذاشتند.