پایگاه اطلاعرسانی khamenei.ir به نقل از رهبر انقلاب نوشت: رجائی یک خصوصیّت ممتازی داشت که این برای خود من همیشه بهعنوان یک سرمشق بوده؛ در یک سخنرانی، خیلی صریح و روشن گفت که من طرفدار حزبالله هستم. با خودم گفتم که این مرد، عقل و دین را با هم آمیخت.
تاکنون پنج مقام عالی رتبه ایرانی به سازمان ملل مسافرت کرده اند؛ شهید محمد علی رجایی در مهر ماه ۱۳۵۹ به عنوان نخست وزیر، آیتالله سید علی خامنه ای در شهریور ۱۳۶۶ به عنوان رئیس جمهور، عازم نیو یورک شدند.
شهید محمدعلی رجایی دومین رئیس جمهور ایران بود که در یک بمبگذاری ترور شد. او دارای لیسانس ریاضیات از دانشسرای عالی بوده و پیش از انتخاب بهعنوان رئیسجمهور، به حرفهٔ معلمی و سپس وزیر آموزش و پروش اشتغال داشته است.
دانشجویان دانشگاه آزاد یزد با صدور بیانیهای در خصوص تحریف اندیشههای امام راحل توسط رجایی ، مشاور آیتالله هاشمی رفسنجانی خطاب به وی اعلام کردند: آقای رجایی ! بر چه اساسی خیانت بزرگ و ظلم نابخشودنی فتنهگران را نادیده میگیرید.
دبیر جامعه اسلامی دانشگاه یزد با اشاره به اظهارات اخیر مشاور هاشمی در دانشگاه آزاد یزد گفت: آقای رجایی ! پشت سر امام(ره) باشید تا همچون صانعی، موسوی و کروبی پیاده از قطار انقلاب نشوید.
ویژگی مشترک جان اف کندی و محمدعلی رجایی ، رؤسای جمهور ایران و آمریکا ترور شدن در زمان تصدی پست ریاستجمهوری و مبهم و مشکوک بودن پرونده ترور آنهاست، اما تفاوتی در نگاه سینما به آنها وجود دارد.
دومین انتخابات ریاستجمهوری ایران در دوم مرداد سال ۱۳۶۰ برگزار و بر اساس آن محمدعلی رجایی با اکثریت مطلق آرای اخذ شده، یعنی ۱۳ میلیون و یک هزار و ۷۶۱ رای از مجموع ۱۴ میلیون و ۷۶۳ هزار و ۳۶۲ رأی به عنوان رئیسجمهور انتخاب شد.