به خاطر اختلافی که در نوع برخورد با اشرار و ضدانقلاب فعال در منطقه کردستان با دولت موقت داشت، استعفای خود را تقدیم امام (ره) کرد و طولی نکشید که در سوم اردیبهشت ماه ۱۳۵۹ توسط گروهک تروریستی فرقان به شهادت رسید. شهید قرنی اولین شهید ترور محسوب میشود.