شورای تبیین مواضع بسیج دانشجویی گیلان در پی شهادت فخری زاده در بیانیهای نوشت: آنان که این عمل وحشیانه را مرتکب شدند باید خوب بدانند عَلَمی که در دست شهید فخری زاده بود، روی زمین نخواهد ماند.
وزیر علوم در پی شهادت مظلومانه محسن فخریزاده، دانشمند برجسته هستهای، ضمن تسلیت این ضایعه بزرگ به رهبر انقلاب و خانواده آن شهید، عموم مردم و جامعه علمی کشور، این اقدام خبیثانه را محکوم کرد.
بسیج دانشجویی شهرستان اقلید در پی ترور ناجوانمردانه دانشمند مجاهد شهید محسن فخری زاده در بیانهای اعلام کرد: لحظهای سلاح این شهید والامقام را بر زمین نخواهیم گذاشت.
رئیس دستگاه قضا طی پیامی با تسلیت ترور شهید محسن فخری زاده، دستگاههای اطلاعاتی و امنیتی و مراجع قضایی را موظف کرد تا با بهکارگیری تمام توان اطلاعاتی در جهت شناسایی و دستگیری عناصر مزدور و جنایتکار، کلیه دست اندرکاران این جنایت، مورد محاکمه قرار گرفته و به سزای اعمالشان برسند.
علی اکبر صالحی معاون رئیس جمهور و رئیس سازمان انرژی اتمی ایران در پی شهادت محسن فخری زاده، رییس سازمان پژوهش و نوآوری وزارت دفاع پیام تبریک و تسلیتی به امیر حاتمی، وزیر دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح صادر کرد.
اتحادیه دفتر تحکیم وحدت در بیانیهای به مناسبت ترور ناجوانمردانه فخری زاده، دانشمند هستهای کشورمان اعلام کرد: این ترور بار دیگر کینه و دشمنی استکبار جهانی با ملت بزرگ ایران را آشکارتر کرد تا برای منکران این حقیقت حجتی تمام کننده باشد.
سرلشکر باقری با بیان اینکه شهید فخریزاده توانسته بود توان دفاعی کشور را به تراز قابل قبولی از بازدارندگی برساند تصریح کرد: دشمنان کوردل بدانند راهی را که شهید فخری زادهها آغاز کردهاند، هرگز متوقف نخواهد شد.
دستیار رئیس مجلس در امور بینالملل با بیان اینکه دشمنان دست از توطئه بر نمیدارند، گفت: ترور فخری زاده نشانگر تلاش محور آمریکایی - صهیونیستی برای تداوم ضربه به پیشرفت علم و فناوری ایران است.