گنجی در جریان رویدادهای پس از خرداد ۷۶ به اتهامزنی علیه نظام اسلامی و حوزههای علمیه ادامه داد و پیش از دستگیری و محاکمه در آذر ۷۹ در کنفرانس ننگین برلین حضور یافت.
جلوس مهدی،یاسر،فائزه،قاطمه و اخیرا محسن در دانشگاه آزاد و البته تکیه زدن میرزاده از نزدیکان آیت الله به کرسی ریاست این دانشگاه این نکته را به ذهن متبادر می کند که بزرگترین دانشگاه غیر دولتی دنیا خانه دوم خاندان هاشمی است.