دبیر شورای تبیین مواضع بسیج دانشجویی استان زنجان در واکنش به شهادت شیخ نمر گفت: شیخ نمر گرچه مرد انقلابی بزرگی بود؛ اما شاخهای کوچک از این بیداری بود. شاخهای که با قطعش هزاران جوانه خواهد رویید.
بسیج دانشجویی مرکز علمی کاربردی قوچان با صدور بیانیهای در اعتراض به اعدام شیخ نمر، خواستار پیگیری وضعیت شیعیان در عربستان و نیجریه ازسوی دولت شد و بیان کرد: بجای لبخند دیپلماسی با پاسخ خشن و سخت، اقتدار اسلامی را به رخ سرکشان اسلام بکشید.
عضو واحد تشکیلات جامعه اسلامی دانشجویان دانشگاه فردوسی مشهد گفت: چنانچه مسلمانان بخواهند به آسانی از واقعه اعدام شیخ نمر عبور کنند یقین بدانند که استکبار جریتر خواهد شد.
بسیج دانشجویی شهرستان سروستان اعلام کرد: از وزارت امورخارجه و علمای دلسوز شیعه خواستاریم این اقدامات ضد تشیع را پیگیری و بر حفظ حقوق مسلمانان و شیعیان در جوامع بین الملل تاکیده ورزیده و نگذارند خون برادرانمان پایمال گردد.
جامعه اسلامی دانشگاه ولی عصر (عج) رفسنجان نوشت: خون شیخ نمر آغازی است بر زوال رژیم منحوس آل سعود؛ که بیش از یک سال است که کودکان و زنان یمنی را در خون غوطهور ساخته است.
بسیج دانشجویی شهید شاهچراغی دانشگاه پیام نور فارس در بیانیهای ضمن محکومیت جنایت آل سعود در اعدام شیخ نمر باقر النمر نوشت: خواستار مواضع انقلابی از مسئولان نظام اسلامی در قبال شهادت شیخ نمر هستیم.
دانشکده علوم قرآنی شیراز در بیانیهای ضمن محکومیت شهادت شیخ نمر نوشت: تا آخر در کنار شیعیان مظلوم عربستان خواهد ایستاد و علاوه بر دعوت از مسلمانان عربستان برای قیام علیه نظام حاکم و فاسد این کشور، آنان را به همدلی و اتحاد فرا میخواند.
بسیج دانشجویی دانشگاه دولتی جهرم اعلام کرد: ما دانشجویان مکتب حضرت روح الله آماده لبیک به ولی امر خود هستیم و اجازه نخواهیم داد ریختن خون آزادگان عالم بیهزینه تمام شود.
فرمانده ناحیه بسیج دانشجویی فارس گفت: قطعا اعدام شیخ نمر توطئه از پیش تعیین شده ای به سرکردگی آمریکا و صهیونیسم است که این بار به دست ال سعود انجام شد.
بسیج دانشجویی دانشگاه جامع علمی کاربردی فارس اعلام کرد: حاکمان ظالم سعودی باید بدانند خون پاک شهید شیخ نمر و تمامی شهیدان راه آزادی و آزادگی، خانه ظلمشان را ویران خواهد کرد.
دبیر آموزش اتحادیه جامعه اسلامی دانشجویان کشور گفت: ما از دولتمردان هیچ توقعی نداریم؛ چرا که دولت کاری نکند بهتر است به دلیل اینکه نهایت کاری که میکند زانو زدن در برابر دشمن است.