بر اساس اطلاعیه اول کمیسیون عالی سوانح راهآهن تاکنون ۲ علت در وقوع سانحه قطار یزد مطرح است که شامل انسداد مسیر حرکت قطار مسافری توسط بیل مکانیکی پس از اتمام عملیات و اعلام آزادسازی مسیر تردد قطار از سوی سرپرست عملیات بهسازی و تخطی از سرعت مقرره و تعیین شده از سوی لکوموتیوران است.