نظریات و سخنرانی های جنجالی وی پیرامون رفع حصر و محاکمه سران فتنه او را به عنوان یک چهره شاخص اصلاح طلب مطرح کرد تا اینکه مصاحبه وی پس از دیدار با رهبری مسائل تازه ای را رقم زد.
ادواردو آنیلی طی نامهای که برای یکی از روزنامههای ایتالیا ارسال کرده بود پدرش را با عنوان «پدر زمینی من» نامیده بود. او در حقیقت امام خمینی (ره) را پدر معنوی خویش میدانست.
علی مطهری خوب میداند با کدام حرفها میتواند توجه رسانههای زنجیرهای جناح افراطی حامی خود را بهخط کند و شاید برایش تفاوتی هم ندارد که رفتارش چه هزینههایی برای کل نظام در بر خواهد داشت.
برنامههای دانشگاهها در هفته بسیج و روز بسیج دانشجویی، سخنان علی مطهری در مشهد و موضعگیری تشکلها نسبت به مواضع وی و نظر فرهادي در خصوص فتنه ۸۸، بورسيهها و دانشگاه آزاد، از اهم خبرهای هفته گذشته سرویس دانشگاههای کشور بود.
طبیعی است که هر شخصی که خط قرمز فتنه را خط سبز بداند، با برخورد قاطع ملت و حتی نمایندگان ملت در مجلس مواجه می شود و عبور از خط قرمز، اعتماد مردم را نسبت به آن شخص سلب می کند.
بسیج دانشجویی دانشگاه صنعتی بیرجند بعد از اظهارات جنجالی علی مطهری در خصوص تطهیر فتنه در این دانشگاه در بیانیهای خطاب به رئیس دانشگاه اعلام کرد: چگونه سخنان وارونه علی مطهری از جریان فتنه را "به واقعیت نزدیکتر" تعبیر میکنید.