وزارتامور خارجه با صدور بیانیهای اعلام کرد: ترور اسماعیل هنیه نه تنها نقض فاحش اصول و قواعد حقوق بینالملل و منشور ملل متحد است، بلکه تهدیدی جدی علیه صلح و امنیت منطقهای و بینالمللی است.
شورای هماهنگی تبلیغات اسلامی شهادت فرمانده برجسته مقاومت فلسطین را تسلیت گفت و از مردم برای حضور در اجتماع تجدید عهد و اعلام همبستگی و همدردی با خانواده و یاران اسماعیل هنیه دعوت کرد.
امانی گفت: «اسماعیل هنیه، یکی از مهمانان مراسم تحلیف رئیسجمهور ایران، ساعت ۲:۳۰ بامداد در محل اقامت خود ترور شد و مسئولان ایرانی در حال بررسی موضوع هستند.»
معاون اول رئیس جمهور با تسلیت رئیس دفتر سیاسی حماس، گفت: شهادت اسماعیل هنیه به عنوان یکی دیگر از جلوههای «تروریسم دولتی» و از پیامدهای سکوت مجامع بین المللی در قبال جنایات مستمر رژیم صهیونیستی و نقض آشکار مقررات بینالمللی است.
رهبر انقلاب تاکید کردند: رژیم صهیونیستی جنایتکار و تروریست با این اقدام زمینه مجازات سختی را برای خود فراهم ساخت و خونخواهی او را که در حریم جمهوری اسلامی ایران به شهادت رسید، وظیفه خود میدانیم.
مسعود پزشکیان، رئیس جمهور در واکنش به ترور اسماعیل هنیه در تهران گفت: ایران از تمامیت ارضی و عزت و حیثیت و افتخار و شرف خود دفاع، و اشغالگران تروریست را از اقدام بزدلانه خود پشیمان خواهد کرد.