در مکتب صدرالمتألّهین بسیاری از مسائل مورد اختلاف فلاسفه مشّاء و اشراق، یا اختلافات فلاسفه و عرفا، و یا مورد اختلاف فلاسفه و متکلمین، برای همیشه حل شده است.
در فلسفه اشراقی به دو چیز تکیه می شود: استدلال و برهان عقلی، و دیگر مجاهده و تصفیه نفس. به حسب این روش، تنها با نیروی استدلال و برهان عقلی نمی توان حقایق جهان را اکتشاف کرد.