تأسیس دانشکدههای طب سنتی، تربیت متخصصان، ورود داروهای گیاهی پرمصرف و بیضرر به شبکه بهداشت و ارائه توصیهها و تدابیر اصلاح سبک زندگی با رویکرد طب سنتی از برنامههای معاونت طب سنتی است. معاون این معاونت در وزارت بهداشت امیدوار است که بتوانند با تعامل منطقی با سایر بخشهای حوزه سلامت، این برنامههای تعیین شده را اجرایی کنند.