بودجه دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر بر اساس لایحه بودجه سال ٩٩ کل کشور مشخص شد و از این بودجه سهم این دانشگاه ٤٠٦٩٠٥ میلیون ریال است.
به گزارش خبرنگار دانشگاه خبرگزاری دانشجو، لایحه بودجه سال ۹۹ کل کشور پس از تصویب در هیئت دولت به مجلس شورای اسلامی ارائه شد. این بودجه پس از بررسی در کمیسیونهای تخصصی و مطرح شدن در صحن علنی مجلس قرار است به تصویب برسد. مبالغ ذکر شده در این لایحه بودجه از سوی هیئت دولت پیشنهاد شده و هنوز نهایی نشده است.
طبق لایحه بودجه کل کشور، اعتبارات بودجهای دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر ٤٠٦٩٠٥ میلیون ریال برآورد شده است.
بر این اساس، ٣٢٠٠٢١ میلیون ریال از این بودجه به برنامه آموزش نیروی انسانی متخصص و ٥٦١٧٧ میلیون ریال از این بودجه به برنامه ارائه خدمات رفاهی و فرهنگی و ورزشی به دانشجویان و ٢٨٩١٠ میلیون ریال از بودجه به برنامه پژوهشهای پایهای دانشگاهی و ١٧٩٧ میلیون ریال از آن به برنامه پژوهشهای توسعهای دانشگاهی دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر اختصاص دارد.