حجاریان با انتقاداتی از جناح خود نیز روبرو بوده است و به نظر میرسد که همین انتقادات سبب شده تا وی در مصاحبه با یکی از سایتهای وابسته به هاشمی رفسنجانی که به همین منظور انجام شده حرفهای گذشته خود در مورد تقلب را تکذیب کند. وی در این زمینه بیان میکند که درباره موضوع تقلب در انتخابات سال ۸۸ سکوت کرده و خبرگزاری تسنیم سخنان وی را وارونه جلوه داده است.