به گزارش خبرنگار سیاسی خبرگزاری دانشجو، رهبر معظم انقلاب در تجلیل از شخصیت این روحانی پارسا فرمود: «(ایشان) در زمان حیاتشان من این را اعتقاد داشتم، الان هم بر همان اعتقاد هستم - یک آدم بیبدیل بود؛ یعنی ما حقّاً [و] انصافاً، هیچکس دیگر را با این جامعیّت در خصوصیّات مختلف، در بین بزرگان روحانیمان نداریم. انصافاً یک مرد بیبدیل و بینظیری بود.»
این جملات را رهبری معظم انقلاب در وصف مردی گفتند که نمونه فقاهت و اخلاق در زمانه خود بود.
حضرت آیتالله خامنهای (مدظله) در پیام تسلیت وی نوشتند: «رحلت فقیه مجاهد و پارسا حضرت آیتالله آقای حاج میرزا علی مشکینی اعلی اله مقامه موجب تأسف و تأثر شدید اینجانب گردید. این روحانی عالیقدر از جملهی شخصیتهای نادری بود که در سراسر عمر بابرکت و در مراحل گوناگون زندگی نورانی خویش منشأ برکات فراوان برای حوزهی علمیه و مردم مؤمن و اسوهی اخلاقی و عملی برای شاگردان و ارادتمندان خود بود. در دوران طاغوت جزو پیشگامان نهضت اسلامی و در دوران جمهوری اسلامی در شمار مجاهدان واقعی و معلم اخلاص و پرهیزگاری و پارسائی محسوب میگشت. رفتار و عمل او بیش از بیان شیرین و رسایش، دعوتکنندهی به ایمان و پارسائی و حقطلبی و حقگوئی بود. جایگاه رفیع او در نظام جمهوری اسلامی و ریاست مجلس خبرگان رهبری از آغاز تشکیل این مجلس که نشانهی حرمت و مکانت او در چشم نخبگان و علمای بزرگ و اساتید مبرّز روحانی کشور است، هرگز نتوانست در تواضع و فروتنی او یا در زندگی زاهدانه و دامن پاک او کمترین خدشهئی وارد آورد. او جامع علم و عمل، و جهاد و زُهد، و تشخیص و سلوک صائب و مستقیم و بدون انحراف بود. فقدان این عالم ربانی و این روحانی جلیلالقدر، ضایعهئی بزرگ است.»
الفاظ و صفات ویژهای که رهبر انقلاب در مورد جایگاه مرحوم آیتالله مشکینی (ره) به کار بردند به خوبی گویای شان وی پیش ایشان بوده است؛ فردی که به فرموده رهبری بیبدیل و بینظیر بود.