شیخ جعفر شجونی در واکنش به سخنان روز چهارشنبه روحانی در گفتگو با خبرگزاری دانشجو، گفت: «من منظور روحانی را نمیدانم. ما انقلاب اسلامی را دوست داریم. اما قاتلان مطهری اسلام را برای حرفهای داغش می خواستند. بههر حال اسلام دین انقلاب است. رهبری هم گفتند: من انقلابیام؛ دیپلمات نیستم.»
این مبارز باسابقه انقلابی در خصوص قاتلان شهید مطهری و گروهک فرقان، گفت: «گودرزي به مسجد جوستان رفت و آقاي موسويخويينيها هم او را به مسجد خمسه فرستاد. مسجد خمسه در اواسط خيابان سراب در خيابان دولت-يخچال واقع شده است. اين مسجد از همان زمان تبديل به يكي از پايگاههاي ترويج افكار گودرزي شد و او بسياري از اعضاي گروه فرقان را در همين جا جذب كرد.»
وی در ادامه افزود: «موسوی خوئینیها این را فرستاد مسجد خمسه، البته آنجا هم نتوانست بند شود. بعد از آن به خانهی حاج آقا تقی اشترخانی رفت. گودرزی به او گفته بود: 500 هزار تومان بده! اشترخانی گفت برای چه میخواهی؟ گفت: می خوایم انقلاب کنیم! یک بار؛ نه چند بار همین را تکرار کرد. اشترخانی هم گفت: من از این پولها ندارم! همانجا حاج اقا تقی اشترخانی را کشته بود!»
شجونی درباره خصوصیات رفتاری گودرزی نیز گفت: «گودرزی یک شیخ روانیِ دیوانهای بود که از چند مسجد تهران اخراج شده بود. از مسجد چهل ستون گرفته تا مسجد شیخ عبدالحسین و تا مسجد قبا. آدم احمقی بود. استدلالی هم نداشت.»
وی در ادامه به نقل از یکی از دوستان روحانیاش، گفت: «ما پای منبر موسوی خوئینیها بودیم. گودرزی هم بود. خوئینیها حرفهای داغی میزد. بهشتی و مطهری را غیر انقلابی معرفی میکرد. آن شیخ میگفت من به کروبی که پای منبر نشسته بود، گفتم: این جوری که این آدم داغ علیه مطهری و مفتح و بهشتی و باهنر حرف میزند، سرآخر به کمک این دو نفر (یعنی محمود کشانی و اکبر گودرزوی) این 4 نفر را میکُشند. کروبی هم زده بود روی پای دوست ما، که نه بابا! اما نشان به این نشانی که این طور شد و این 2 نفر آن 4 نفر را ترور کردند. به هر حال زیاد پای منبر موسوی خوئینیها می رفتند و ایشان هم داغ صحبت میکرد. اقای خوئینیها از این کارها زیاد میکرد»