محمد حسینی در گفت‌وگو با خبرنگار فرهنگی «خبرگزاری دانشجو»، درباره مشکلات وزارت ارشاد با رئیس دولت دهم گفت: در مسائل فرهنگی همواره با آقای احمدی نژاد اختلاف نظر وجود داشت؛ بی تردید رئیس جمهور نظراتی داشت که وزیر ارشاد آن را تأیید نمی کرد، اما من سعی می کردم با تعامل سازنده امور را پیش ببرم و یکی از مشکلاتی که همواره باعث می‌شد اختلاف نظرها نمایان شود این بود که رئیس جمهور مواردی از این اختلاف‌ها را علنی می کرد.
وزیر ارشاد افزود: البته بعضی از جاها علت علنی کردن اختلافات، اصلاح آنها بود. یکی از اختلافاتی که من نتوانستم در طول مدت وزارت برطرف کنم، این بود که اعتبارات استان‌ها در وزارت ارشاد بدون مشورت با وزیر حذف شد.
وی ادامه داد: این اختلاف‌ها به شکلی نبود که با مشکل جدی مواجه شویم، اما همیشه انتظار داشتیم که حمایت بیشتری از ارشاد صورت گیرد.
حسینی تصریح کرد: شایعاتی که همیشه درباره برکناری وزیر ارشاد مطرح بود، باعث می شد آسیب‌های جدی به حوزه کاری ما وارد شود.
وزیر ارشاد درباره ادامه فعالیتش بعد از پایان دولت دهم خاطرنشان کرد: پس از تحویل دادن وزارت ارشاد به وزیر دولت یازدهم، به دانشگاه بر می گردم و به تدریسم در دانشگاه تهران ادامه می‌دهم.