- 17 دی 92، کمتر از پنج ماه از مراسم تحلیف، هفتهنامهی «یالثارات» به دلیل انتقاد از دولت تعطیل شد. در همین جلسه روزنامه «وطن امروز» به دلیل آنچه «نقض مصوبه شورای عالی امنیت ملی» عنوان شده بود، تذکر گرفت و پرونده این روزنامه نیز به مراجع قضایی ارسال شد. این روزنامه چندی قبل در گزارشی با عنوان «هولوکاست هستهای» به انتقاد از توافق نامه ژنو پرداخته بود.
- 2 اسفند 92، شکایت دبیرخانه شورایعالی امنیت ملی از حسین قدیانی نویسنده روزنامه «وطن امروز» به دلیل 4 یادداشت در نقد توافقنامه ژنو: «دهان ما پلمب نمی شود»، «هستهای ملت و دیپلماسی دولت»، «آقایان! سر بولدوزر را بچرخانید طرف دشمن» و «غرور ملی شکست نه ساختمان تحریم»
- 6 اسفند 92، شکایت دبیرخانه شورایعالی امنیت ملی از حجت الاسلام محمود نبویان، نماینده مردم تهران در مجلس شورای اسلامی به اتهام نقد توافقنامه ژنو؛ وی سخنرانیهای فراوانی در نقد توافقنامه در مساجد، دانشگاهها و … ایراد کرده است.
- در 27 اسفند 92، حمید رسایی نماینده مجلس و مدیرمسئول هفته نامه «9 دی» با انتشار نامه هیات نظارت، از توقیف این نشریه به دلیل انتقاد از توافقنامه ژنو و دولت خبر داد.
- 20 فروردین 93، دبیرخانه شورایعالی امنیت ملی به خاطر سخنان و مصاحبههای جواد کریمی قدوسی نماینده مردم مشهد در مجلس در ارتباط با توافق هستهای ژنو از وی شکایت کرده است.
- 30 فروردین 93، مدیر مسئول روزنامه «وطن امروز» از 11 شکایت دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی خبر داد.
- 12 خرداد 93، شکایت از دکتر سعید زیباکلام به دلیل انتقاد از توافقنامه ژنو و سیاست خارجی دولت یازدهم؛ این استاد دانشگاه تهران از شروع بحث توافقنامه ژنو، فعالیتهای فلسفی خود را به حداقل رساند، و با انتشار مقالات دقیق، سفر شهر به شهر و سخنرانی در مساجد و دانشگاههای مختلف کشور به روشنگری در این موضوع پرداختند.
- 10 تیر 93، شکایت دوبارهی شورای عالی امنیت ملی از کریمی قدوسی، نماینده مجلس به دلیل انتقاد از دولت اعتدال.