گروه فرهنگی «خبرگزاری دانشجو»؛ در ابتدای ظهور مشروطیت حاج شیخ فضلالله با سایر روحانیون مشروطهخواه هم فکر و هم قدم بود و با این که با عینالدوله صدراعظم وقت دوست بود، در مهاجرت به حضرت عبدالعظیم و قم شرکت کرد و تا صدور فرمان مشروطیت و افتتاح مجلس شورای ملی، کوچک ترین مخالفتی از او مشاهده نشد. اما مسالهای که وجود داشت این بود که شیخ فضلالله بیشتر، طالب رواج شریعت بود.
در واقع، شیخ فضلالله از نخستین عالمان اسلامی آن دوران بود که به نقشه استعمار در جهت اسلامزدایی و جایگزین کردن حکومت لائیک تحت پوشش مشروطه و قانون اساسی پی برد و سعی کرد اجازه ندهد ملیگرایی به جای اسلامگرایی بنشیند. زیرا پیشگامان جنبش مشروطه، روحانیون بودند اما به تدریج صحبت از ملیگرایی و میهنپرستی مطرح شد و به همین دلیل روحانیون و سایر مشروطهطلبان در راهی جدا از یکدیگر قرار گرفتند.
شیخ فضلالله نوری در سخنان خود علت مخالفت با مشروطه را اینگونه بیان میکند:
«.... و بعد همین که مذاکرات مجلس شروع شد و عناوین دایر به اصل مشروطیت و حدود آن در میان آمد از اثناء نطقها و لوایح و جراید، اموری به ظهور رسید که هیچ کس منتظر نبود و زایدالوصف مایه وحشت و حیرت رؤسای روحانی و ائمه جماعت و قاطبه مقدسین و متدینین شد؛ از آن جمله در منشور سلطانی که نوشته بود مجلس شورای ملی اسلامی دادیم لفظ اسلامی گم شد و رفت که رفت و دیگر در موقع اصرار دستخط مشروطیت از اعلیحضرت اقدس شاهنشاه در حضور هزار نفس بلکه بیشتر صریحاً گفتند: ما مشروعه نمیخواهیم ... شما که بهتر میدانید که دین اسلام اکمل ادیان و اتم شرایع است و این دین دنیا را به عدل و شورا گرفت آیا چه افتاده است که امروز باید دستور عدل ما از پاریس برسد و نسخه شورای ما از انگلستان بیاید؟ من آن مجلس شورای ملی را میخواهم که عموم مسلمانان آن را میخواهند به این معنی که البته عموم مسلمانان مجلسی میخواهند که اساسش بر اسلامیت باشد و برخلاف قرآن و برخلاف شریعت محمدی(ص) و برخلاف مذهب مقدس جعفری، قانونی نگذارند. من هم چنین مجلسی میخواهم».
در جریان مشروطه علمای ایران و نجف چه آنان که در راه برقراری مشروطه تا آخرین نفس ایستادند و چه آنان که در برابر قانونگذاری مجلس شورای ملی به مخالفت برخاستند و شعار «مشروطه مشروعه» را سر دادند و چه آنان که از آغاز، نسبت به این حرکت روی خوش نشان ندادند، همگی یک هدف را دنبال میکردند و آن برقراری عدالت و قانون در چارچوب قوانین اسلامی بود، اما برخی از آنان چون شیخ فضلالله به سبب تیزهوشی و ژرف نگری ویژه خود زود دریافتند که دستهای مرموز نامرئی در راه ریشه کن ساختن اسلام و کنار زدن عالمان اسلامی به کار افتاده است و علمای ما اگر چنانچه از یک حکومت جور حمایت کنند در واقع پیشگیری از خطر کفر و الحاد که نابود کننده اسلام است، میکنند.
به طور مثال شیخ فضلالله در حضور محمدعلی شاه، درست در شرایطی که مجلس به توپ بسته شده و مشروطه خواهان سرکوب شدهاند و مردم کوچه و بازار به مشروطه بد میگفتند و به خیال شاه، مشروطه در باغشاه ذبح شده است، میگوید: «مشروطه خوب لفظی است، شاه دستخط مشروطیت را دادند، شاه مرحوم دستخط دادهاند، مشروطه باید باشد ولی مشروطه مشروعه و مجلس محدود، نه هرج و مرج».
شیخ برای این که صدای مخالفت خود با این نوع از مشروطه را به مردم برساند در سوم تیرماه سال ۱۲۸۶ به حرم حضرت عبدالعظیم پناهنده شد. در این هجرت که حدود ۵۰۰ نفر او را همراهی کردند، شیخ شعار «مشروطه مشروعه» را مطرح کرد.
شیخ فضلالله در دوران استبداد صغیر، همچنان به مخالفت خود با مشروطه ادامه میداد. او در نهم دی ماه ۱۲۸۷ توسط شخصی به نام کریم دواتگر که از سوی دشمنان شیخ، اجیر شده بود، مورد سوء قصد قرار گرفت ولی ضارب موفق نشد شیخ را از بین ببرد و شیخ پس از مدتی او را بخشید.
پس از فتح تهران به دست مشروطهخواهان و سرنگونی حکومت محمدعلی شاه، به دلیل انحرافات زیادی که در میان مشروطهخواهان وجود داشت و دستهای خارجی که آنها را هدایت میکرد، آنها منزل شیخ فضلالله نوری را که از رهبران اصلی مشروطیت و از نخستین قیامکنندگان برای ایجاد عدل و برچیدن بساط ظلم بود محاصره کردند.
در خصوص این محاصره در تاریخ آمده است: «یک نفر از سفارت روس وارد شد و با حاج شیخ مذاکره و او را دعوت به سفارتخانه نمود، حاج شیخ جواب داد: مسلمان نباید پناهنده کفر شود، آن هم مثل من. بعد آن شخص اظهار کرد که اگر حاضر نمیشوید بیایید بیرق را بالای سر در خانه نصب نمایید و بیرق را نشان داد و اجازه خواست سر در عمارت قرار دهند، در این قسمت هم حاج شیخ فضلالله جواب داد: اسلام زیر بیرق کفر نخواهند رفت. آن شخص گفت: برای شما خطر جانی خواهد داشت. جواب دادند: زهی شرافت آرزومندم».
وقتی اطرافیان به او پیشنهاد کردند که در خانهای پنهان شود و مخفیانه به عتبات برود گفت: «اگر من پایم را از این خانه بیرون بگذارم، اسلام رسوا خواهد شد».
شیخ فضلالله در مقابل پیشنهاد دیگری که خواستند به سفارتی پناهنده شود با خونسردی پرچم خارجی که برایش فرستاده بودند را نشان داد و عنوان کرد: «این را فرستادهاند که من بالای خانهام بزنم و در امان باشم. اما رواست که من پس از هفتاد سال که محاسنم را برای اسلام سفید کردهام حالا بیایم و بروم زیر بیرق کفر؟»
پس از این گفتگوها شیخ همه اطرافیان را مرخص کرد تا مبادا به آنها آسیبی برسد. در ۸ مرداد ۱۲۸۸ وی را دستگیر و با درشکه به اداره نظمیه بردند و زندانی کردند. حکم اعدام از قبل توسط انگلیسیها صادر شده بود، اما برای صحنهسازی سه روز شیخ را نگاه داشتند و سپس او را توسط شیخ ابراهیم زنجانی، روحانینمایی بیسواد و لامذهب و چند نفر از ایادی انگلیس، حدود یک ساعتی بازجویی کردند. در این بازجویی شیخ به زنجانی گفت: «تو کوچکتر از آنی که مرا محاکمه بکنی ... عالم را با جاهل بحثی نیست».
شیخ فضلالله را در روز میلاد حضرت علی(ع) به کاخ گلستان بردند و بار دیگر به بازجویی پرداختند. شیخ در جلسه دادگاه برخاست و خطاب به یپرم خان ارمنی گفت: «مشروطه تا ابدالدهر حرام خواهد بود، مؤسسین این مشروطه، همه لامذهبین صرف هستند و مردم را فریب دادهاند».
هنگامی كه میخواستند شیخ را برای اعدام ببرند، اجازه خواندن نماز عصر را به وی ندادند و ایشان را به سوی جایگاه اعدام راهنمایی كردند. وقتی به در نظیمه رسید رو به آسمان كرد و گفت: «افوّض امری الی الله ان الله بصیر بالعباد». وقتی به پایه دار نزدیك شد، برگشت و مستخدم خود را صدا زد و مهرهای خود را به او داد تا خرد كند، مبادا بعد از او به دست دشمنانش بیفتد و برای او پروندهسازی كنند.
پس از آن عصا و عبایش را به میان جمعیت انداخت و روی چهارپایه رفت و قریب ده دقیقه برای مردم صحبت كرد و گفت: «خدایا، تو خودت شاهد باش كه من آنچه را كه باید بگویم به این مردم گفتم. خدایا تو خودت شاهد باش كه در این دم آخر باز هم به این مردم میگویم كه مؤسس این اساس لامذهبین هستند كه مردم را فریب دادهاند این اساس مخالف اسلام است. محاكمه من و شما مردم بماند پیش پیغمبر محمد بن عبدالله(ص)».
سپس عمامه را از سر برداشت و گفت: «از سر من این عمامه را برداشتند، از سر همه بر خواهند داشت». در آستانه اعدام یكی از رجال وقت با عجله برای او پیغام آورد كه شما این مشروطه را امضا كنید و خود را از كشتن نجات دهید اما شیخ جواب داد: «دیشب رسول خدا را در خواب دیدم، فرمودند: فردا شب مهمان منی. من چنین امضایی نخواهم كرد».
پس از به دار کشیدن شیخ، دسته موزیک شروع به نواختن کرد و مردم از جمله پسر شیخ، دست میزدند و شادی میکردند. مجاهدین هم با تفنگهایشان میرقصیدند. سپس جنازه را به حیاط نظمیه بردند. در این هنگام حاضران دور جنازه شیخ را گرفتند و آنقدر با قنداق تفنگ و لگد به جنازه او زدند که از صورت اون خون جاری شد. کسانی هم که دستشان به جنازه نمیرسید به آن تف میانداختند.
خانواده شیخ، جنازه او را مخفیانه به منزل بردند و در اتاقی در حالی كه غسل و كفن شده بود گذاشتند و آن را تیغه كردند و برای این كه كسی بویی نبرد مراسمی ظاهری گرفتند و جنازهای غیر واقعی را در قبرستان دفن كردند و صورت قبری برای آن ساختند. بعد از هجده ماه كه مردم كمكم با خبر شده بودند، میآمدند و پشت دیوار فاتحه میخواندندو میرفتند.
دختر شيخ فضلالله نقل مي كند: «دیشب مرحوم آقا را خواب دیدم که خیلی خوش و خندان بود ولی من در همان عالم خواب گریه میکردم، آقا به من گفت: گریه نکن، همان بلاهایی را که سر سید الشهدا آوردند، سر من هم آوردند. اینها میخواهند نعش مرا دربیاورند، تا درنیاوردهاند زود آن را به قم بفرست».
جنازه شیخ را بعد از 18 ماه بدون آن كه كمترین آسیبی دیده باشد از آن اتاق در آورده و مخفیانه به قم انتقال دادند. سپس در مقبرهای كه قبلاً در صحن مطهر تدارك دیده بود، دفن كردند.