همچنین در حکم دیگری دکتر فراهانی با توجه به ماده ۸ آیین نامه داخلی شورایعالی انطباق امور اداری و فنی مؤسسات پزشکی با موازین شرع مقدس به عنوان رئیس شورای معین انطباق امور اداری و فنی مؤسسات پزشکی با موازین شرع مقدس نیز به مدت ۲ سال منصوب شده است.
دکتر محمد رضا فراهانی معاون فرهنگی و دانشجویی وزارت بهداشت است.