حدود ۳۰۰۰۰ پروتستان در پاریس و در سایر شهر‌های فرانسه توسط کاتولیکها که توسط کاترین دومدیسی و خانواده گیز تحریک شده بودند، قتل عام شدند.
هانری دوناوار که بعد‌ها با نام هانری چهارم پادشاه فرانسه شد و سرسلسله بوربون‌ها بود، با اقبال خوش و کمک مارگرت دووالوا همسرش توانست از چنگ تعقیب کنندگان فرار کرده و جان سالم به در برد.
قبل از قتل عام سن بارتلمی، تعداد پروتستانها حدود سی درصد جمعیت فرانسه بود و حتی این تناسب در طبقه نجبا از سی درصد نیز فراتر می‌رفت.
کاترین دومدیسی، ملکه فرانسه و مادر شارل نهم کینه ویژه‌ای به پروتستانها داشت.
او پس از مرگ همسرش هانری دوم مدتی نایب السلطنه فرانسه بود و حتی پس از به تخت نشستن شارل نهم، به دلیل این که شارل از تعادل روحی و سلامت جسمی برخوردار نبود، کماکان قدرت خود را حفظ کرد.
کاترین دومدیسی دارای متحد نیرومندی به نام دوک دوگیز بزرگ خاندان گیز بود که او نیز از دشمنان خونی پروتستانها محسوب می‌شد.
تا قبل از قتل عام سن بارتلمی درگیری‌ها میان کاتولیکها و پروتستانها به رغم وحشیگری‌ها پراکنده بودند، اما پس از این واقعه فاجعه بار، جنگ مذهبی میان پیروان دو مذهب سراسر فرانسه را در برگرفت.
در شب ۲۴ اوت سال ۱۵۷۲ میلادی که مصادف با جشن مذهبی سن بارتلمی بود، بسیاری از سران و بزرگان مذهب پروتستان در اثر توطئه کاترین دومدیسی و خاندان گیز قتل عام شدند.
این کشتار در تاریخ به قتل عام سن بارتلمی مشهور شده است.
این واقعه شوم منجر به یک جنگ خونین مذهبی شد که تا سال ۱۵۹۸ به طول انجامید. در انگلستان پروتستانها به نوبه خود دست به کشتار کاتولیکها زدند. اما دامنه خشونت‌های مذهبی در این کشور به گستردگی فرانسه نبود.
پس از آن تعداد زیادی از پروتستان‌های فرانسه که اغلب صنعتگر بودند به انگلستان و دیگر کشور‌های پروتستان مذهب مهاجرت کردند و این مساله تا سال‌های مدید اقتصاد فرانسه را دچار رکود کرد.
«وقتی در باب تعصبات مذهبی صحبت میشود، چند درصد از مردم ایران، بلکه چند درصد از مردم خود اروپا خبر دارند که یک روز بر اساس تعصبات مذهبی، کشتار خونینی - که به کشتار «سن‌بارتلمی» معروف است - در شهر پاریس انجام گرفت و هزاران نفر را در یک شب کشتند؟ این یک حادثه‌ی مذهبی است؛ یعنی جنگ بین پروتستانها و کاتولیکها بوده است. در آن زمان حکام فرانسه کاتولیک بودند؛ اما شازده‌یی از خودشان - که از سلسله‌ی «والوا» بود - اتفاقاً پروتستان شده بود. ملکه‌ی فرانسه - یعنی «کاترین دومدیسی» - با صدراعظمش که یک کشیش بود و کاردینال «ریشلیو» نام داشت، نشستند تصمیم‌گیری کردند و یک شب تا صبح هزاران نفر را در شهر پاریس کشتند؛ فقط برای تعصب مذهبی! الان چند درصد از مردم فرانسه از این قضیه خبر دارند؟ این قطعه اصلاً از تاریخ حذف شده است؛ نمیگذارند در دنیا منعکس بشود. از مردم ما چه‌قدر خبر دارند؟ امروز شما ببینید اروپا چه قدر کسانی یا کشورهایی - از جمله جمهوری اسلامی - را به داشتن تعصب مذهبی شماتت میکند؛ اما این حادثه را از تاریخ حذف کرده‌اند!»