مهدی باکری به سال ۱۳۳۳ه. ش در شهرستان میاندوآب در یک خانواده ای مذهبی متولد شد.
تحصیلات ابتدایی و متوسطه را در ارومیه به پایان رسانید و در دوره ای دبیرستان همزمان با شهادت برادرش علی باکری به دست دژخیمان ساواک وارد جریانات سیاسی شد.
مهدی پس از اخذ دیپلم به دانشگاه راه یافت و در رشته مهندسی مکانیک مشغول تحصیل شد. از آغاز ورود به دانشگاه تبریز یکی از افراد مبارز این دانشگاه بود و همواره از طرف ساواک تحت تعقیب و مراقبت بود.
مهدی، برادرش حمید را هم برای مبارزه ضد رژیم ستمشاهی همراه خود به تبریز آورد و پس از مدتی حمید را برای برقراری ارتباط با سایر مبارزان، به خارج از کشور فرستاد تا در ارسال سلاح گرم برای مبارزین داخل کشور فعال شود.
مهدی باکری که از طرف ساواک تحت مراقبت بود، پس از مدتی به سربازی رفت و در حالیکه در تهران افسر وظیفه بود با تبعیت از فرمان حضرت امام(ره) از پادگان فرار کرده و به صورت مخفیانه زندگی می کرد.
بعد از پیروزی انقلاب اسلامی و به دنبال تشکیل سپاه پاسداران به عضویت این نهاد مقدس درآمد و در سازماندهی سپاه ارومیه نقش فعالی را ایفا نمود. پس از آن بنا به ضرورت مسئولیت دادستان دادگاه انقلاب ارومیه را پذیرفت و همزمان به مدت ۹ ماه با عنوان شهردار ارومیه خدمات ارزنده ای از خود به جای گذاشت.
مهدی باکری همزمان با شروع جنگ تحمیلی ازدواج نمود و دو روز بعد از عقد به جبهه رفت. در عملیات فتح المبین با عنوان معاون تیپ نجف اشرف در کسب پیروزی سپاهیان اسلام نقش موثری ایفا کرد در همین عملیات در منطقه ای رقابیه از ناحیه ای چشم مجروح شد.
وی در عملیات بیت المقدس از ناحیه ای کمر مجروح شد و با وجود مجروحیت هایی که داشت برادران بسیجی را تا پیروزی بر دشمن بعثی هدایت نمود.
شهید باکری در عملیات رمضان با سمت فرماندهی تیپ عاشورا شرکت کرد و این بار نیز مجروح گردید. در عملیات های مسلم بن عقیل، والفجر مقدماتی، والفجر یک، دو، سه، چهار با عنوان فرمانده لشگر عاشورا ایثار همه جانبه ای را از خود نشان داد. در عملیات خیبر زمانی که برادرش حمید، به درجه ای رفیع شهادت نایل آمد با خانواده اش تماس گرفت و چنین گفت: شهادت حمید یکی از الطاف الهی است که شامل حال خانواده ای ما شده است و شرایط حساس جبهه، وی را از حضور در تشییع پیکر پاک برادرش باز داشت.
نقش مهدی باکری و لشگر عاشورا در عملیات خیبر و تصرف جزایر مجنون برکسی پوشیده نیست، در علمیات بدر، مهدی در شب علمیات وضو می گیرد و توصیه می کند برادران خدا را از یاد نبرید، نام امام زمان(عج الله) را زمزمه کنید و دعا کنید که کار برای خدا باشد و لشکر عاشورا به فرماندهی شهید باکری در کنار سایر یگان های عمل کننده ای نیروی زمینی سپاه پاسداران حماسه می آفریند.
باکری در عملیات بدر در حالیکه رزمندگان لشگر را در شرق دجله از نزدیک هدایت می کرد، بر اثر اصابت تیر مستقیم مزدوران بعثی، ندای حق را لبیک گفت و به لقای معشوق نایل گردید، هنگامی که پیکر مطهرش را از طریق آب های هورالعظیم به عقب انتقال می دادند، قایق حمل پیکر وی، مورد هدف آرپی جی دشمن قرار گرفت و وجود پاکش به دریا پیوست.