به گزارش گروه بین الملل «خبرگزاری دانشجو» روند دادگاه درباره بررسی اتهامات مبنی بر جاسوسی در روز ۱۶ فوریه ۲۰۱۴ آغاز شد. مرسی و دیگر اعضای اخوان المسلمین به جاسوسی برای گروه های شبه نظامی خارجی با هدف سازمان دهی حملات تروریستی در این کشور و « دادن اطلاعات سری نظامی به یک کشور دیگر » متهم هستند.
آنها همچنین به اتهاماتی درباره تأمین مالی تروریسم، آموزش نظامی فعالان برای رسیدن به اهدافشان و دیگر اقداماتی متهم هستند که حق حاکمیت و تمامیت ارضی مصر را در معرض تهدید قرار می دهد.
به گزارش خبرگزاری ایتارتاس از قاهره، دادستان می گوید مرسی و حامیانش اطلاعاتی محرمانه را درباره قابلیت های دفاعی مصر در اختیار ایران قرار داده اند. پرونده دوم در ارتباط با « فرار جمعی » هزاران زندانی از زندان طی آشوب ها در روز ۲۵ ژانویه ۲۰۱۱ است. دادستانان می گویند اسلام گراها در وررای آشوب ها و خشونت ها قرار داشتند. در روز ۲۱ آوریل، دادگاه قاهره مرسی و ۱۲ عضو دیگر اخوان المسلمین را به سبب بازداشت و شکنجه معترضان و تحریک خشونت در پاییز سال ۲۰۱۲ به ۲۰ سال زندان محکوم کرد.
با این حال، همه این افراد از اتهام قتل که می تواند حکم اعدام را برای آنها در پی داشته باشد، تبرئه شدند.
مرسی - که از ماه ژوئن 2012 تا ژوئیه 2013 رئیس جمهور مصر بود - به خیانت ، جاسوسی برای گروه های شبه نظامی خارجی و فراری دادن جمعی اعضای اخوان المسلمین از زندان طی آشوب ها در ژانویه 2011 متهم است.