در سال 1364 و در پی تصویب قانون تشکیل وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، رشته‌های پزشکی از وزارت فرهنگ و آموزش عالی جدا شد و به وزارتخانه جدید منتقل گردید. پیامد این رویداد در مشهد نیز تفکیک دو دانشگاه فردوسی مشهد و علوم پزشکی از یکدیگر بود که می‌بایست با تفکیک زمین‌ها، ساختمان‌ها، کارکنان، اساتید و دانشجویان همراه می‌شد؛ اتفاقی که در آن سال با مدیریت و نظارت دکتر حبیبی، وزیر وقت دادگستری، روی کاغذ انجام شد، اما اجرایی شدن آن تا 32 سال بعد میسر نگردید.
از سال 1364 به بعد همواره مسائل و تعارضات مربوط به تفکیک دو دانشگاه ادامه داشت و در بازه‌های زمانی مختلف، رؤسای هر دو دانشگاه، به نوبه خود سعی در حل و فصل این مناقشه داشتند، اما این مهم هیچ‌گاه به طور کامل میسر نشد و علی‌رغم پیشرفت‌های جزئی، اختلافات همچنان پابرجا ماند.
این مسائل تا سال 1395 نیز ادامه یافت تا آن‌که آقایان محمد کافی و مهرابی بهار ، رؤسای دانشگاه‌های فردوسی و علوم پزشکی مشهد عزم خود را برای پایان بخشیدن به مناقشه‌ای که بیش از سه دهه ادامه یافته بود، جزم کردند.
هر دو رئیس دانشگاه و نیز وزرای علوم و بهداشت، دکتر محمد خواجه‌حسینی را مأمور حل و فصل مناقشه نمودند و از آن زمان رایزنی‌های فشرده آغاز شد. پیگیری و بررسی اسناد، مکاتبات، قراردادها و تفاهم‌نامه‌هایی که از بدو تأسیس دانشگاه تا به امروز منعقد شده بود، به یافتن ریشه‌ها و روشن شدن صورت مسأله کمک کرد و پس از ماه‌ها تلاش نخستین نمود حل مناقشه بروز پیدا کرد.
19 مردادماه 96 با نصب تابلوی مشترک پردیس دانشگاه فردوسی و علوم پزشکی مشهد، پایان مناقشه‌ای 32 ساله آغاز شد که قرار است اهدافی بسیار مهم‌تر و اساسی‌تر از تغییر تابلوها و تعیین مرزهای دو دانشگاه را دنبال نماید.
این تابلو تنها نشانه‌ای کوچک از اتفاقاتی است که در آینده نزدیک و با تشکیل شورای مشترک مدیریت پردیس رقم خواهد خورد، تا تعمیق و گسترش همکاری‌ها، استفاده از زیرساخت‌های مشترک، پیشگیری از انجام هزینه‌های موازی و اتلاف منابع ملی و محلی را میسر سازد.