پس از راي قاطع نمايندگان نسبت به عدم كفايت سياسي بني صدر و عزل وي از رياست جمهوري، به دستور امام (ره) رجايي 2 مرداد سال 60 با 86.62 درصد كل آرا و بيش از 12 ميليون راي توانست عهدهدار مسئوليت رياست جمهوري شود.
گروه سياسي «خبرگزاري دانشجو»؛ در شرايطي كه كشور بحران جنگ تحميلي و تبعات مختلف آن اعم از مشكلات اقتصادي، محاصره، چند دستگي ناشي از انقلاب و تحريم هاي بين المللي را تحمل مي كرد، ابوالحسن بني صدر، رئيس جمهور وقت كشور و همفكران ليبرال وي در سال 60 در مقابل نيروهاي موسوم به خط امام قد علم كردند و شروع به نواختن سازهاي مخالف با ارزش هاي انقلاب اسلامي كردند.
رجايي در آن زمان نخست وزير كابينه بني صدر بود كه با تفكر بني صدر و عقبه او در مجاهدين خلق آشنايي داشت، اما بني صدر همواره سعي داشت با بدرفتاري هايش رجايي را تحقير كرده و در جلساتي كه براي معرفي كابينه تشكيل مي شد، همواره اصرار مي كرد كه رجايي را براي اداره مملكت مناسب نمي داند و وي را متهم مي كرد كه انسان خشك سري است.
آيت الله امام كاشاني در بخشي از خاطراتش نقل مي كند كه بني صدر در بد رفتاري هايش با رجايي مي گفت: «رجايي نخست وزير شرعي و قانوني نيست، چون دلم با او نيست.»
با اين وجود وقتي در يك جلسه، بحث ميان رجايي و بني صدر در خصوص رفع اختلاف نظرها بمنظور تشكيل دولت مطرح بود، رجايي به صراحت به بني صدر گفت: «برادر جان! اختلاف ما بر سر اين امور نيست. (منظور صحبت هايي بود كه به نقل از رجايي به بني صدر نسبت داده شده بود) اختلاف ما در اين است كه من و شما دو جور طرز فكر داريم.»
به حكم امام بني صدر از فرماندهي كل قوا و رياست جمهوري بركنار شد
اين در حالي بود كه امام خميني(ره) 20 خرداد سال 60 بني صدر را از فرماندهي كل نيروهايمسلح بركنار كرد تا ستاد مشترك نيروهاي مسلح تا زمان تعيين تكليف جانشين فرماندهينيروهاي مسلح، وظيفه او را بعهده گيرد.
از سوي ديگر فراكسيون نيروهاي خط امام(ره) در مجلس شوراي اسلامي اواخر خرداد همان سال طرح عدم كفايت سياسي رئيسجمهور را مطرح كردند و به دنبال آن در جلسه اي كه 31 همان ماه در مجلس شوراي اسلامي برگزار شد در مورد اين طرح رأيگيري كردند.
اين راي گيري با 177 رأي موافق، يك رأي مخالف و 12 رأي ممتنع، موجب شد طرح عدم كفايتسياسي بنيصدر تصويب شده و در پي تصميم مجلس، امام خميني(ره) به عنوان رهبر انقلاب يكم تير سال 60 حكم عزل بنيصدر از مقام رياست جمهوري را صادر كرد.
بر اين اساس پس از عزل بنيصدر، براساس اصول قانون اساسي ، شوراي موقّت رياستجمهوري تشكيل شد تا اين شورا وظايف و مسئوليتهاي رياستجمهوري را موقتاً تا انتخاب رئيسجمهور جديد برعهده داشت.
نخستين جلسه اين شورا دوم تير سال 60 با حضور محمدعلي رجايي(نخستوزير)، آيتاللّه بهشتي (رئيس ديوان عالي كشور) و هاشمي رفسنجاني (رئيسمجلس شوراي اسلامي) تشكيل شد.
در اين جلسه كه درخصوص اداره كشور و وظايفشورا براساس قانون اساسي تصميمگيري شد، با نظر اعضا مقرر شد كه مسئوليت تعيين سرپرستي و مراجعات دفتر رياستجمهوري به عهده رجايي گذاشته شود و همچنين مصوبات مجلس به امضاي رجايي رسيده و ابلاغ شود.
چند روز پس از جلسه شوراي موقت رياست جمهوري، 7 تير حادثه بمب گذاري دفتر حزب جمهوري اسلامي موجب شهادت دكتر بهشتي و ديگر اعضاي حزب جمهوري اسلامي شد و به همين مناسبت امام خميني(رحمت الله عليه) در ديدار با خانوادههاي شهداي اين واقعه، در مورد انتخابات رياستجمهوري تأكيد كردند: «ما يك سيلي خورديم. از اشتباه ما همه اين نابسامانيها را كه الان داريم براي اينكه اشتباهكرديم، نبايد اشتباه تكرار بشود؛ دنبال اين باشيد كه يك نفر صددرصد مكتبي، اسلامي در خط اسلام، براي رياستجمهوري انتخاب كنيد.»
پس از اين سخنراني و ابرازعلاقهمندي و اعلام حمايت اقشار مختلف مردم و گروههاي خط امام(ره)، رجايي نيز در بين 71 نفر از نامزدهاي كانديداتوري رياست جمهوري بعنوان كانديدا معرفي شد كه در نهايت شوراي نگهبان از اين ميان به صلاحيت عباس شيباني، علياكبر پرورش، حبيباللّه عسگراولادي و محمدعلي رجايي را راي داد.
براين اساس تنها برنامهاي كه رجايي در مدت مجاز تبليغات نامزدهاي انتخاباتي شركت كرد، يكبرنامه تلويزيوني بود كه ميبايست نامزدهاي مورد تأييد شوراي نگهبان از آن طريق،برنامهها و ديدگاههاي خود را به مردم اعلام كنند.
از اين رو همزمان با آغاز فرصت مجاز تبلغات مردم، احزاب، جمعيت ها و گروه ها اعم از حزب جمهوري اسلامي، جامعه مدرسين حوزه علميه قم، جامعه روحانيت مبارز، سازمان مجاهدين انقلاب اسلامي، جامعه اسلامي دانشگاهيان، خانه كارگر، سازمان فجر اسلام، دفتر تحكيم وحدت، اتحاديه انجمنهاي اسلامي دانشآموزان، نهضت زنان مسلمان به حمايت از رجايي پرداختند؛ بطوري كه از همان ابتدا پيش بيني مي شد كه رجايي در مرحله اول انتخابات با راي بالا برنده انتخابات شود.
شرايط سياسي داخل كشور و وجود دشمنان مسلح از يك سو، جنگ و شرايط بد اقتصادي از سوي ديگر مي طلبيد كه رئيس جمهوري بر سر كار آيد كه اعتقاد عميقي به مباني اسلامي، مكتب و انقلاب داشته و يكجامعه انقلابي متحد و يكدست بوجود آورد از اين رو همه به رجايي چشم اميد دوخته بودند.
دوم مرداد رجايي با اكثر آرا به رياست جمهوري انتخاب شد
سرانجام دوم مرداد ماه بعنوان روز انتخابات دومين دوره رياستجمهوري تعيين شد و در نهايت محمدعلي رجايي با 87.62 درصد كل آراء توانست عهدهدار مسئوليت رياست جمهوري شود.
بر اين اساس يازدهم مرداد همزمان با عيد فطر در حسينيه جماران، امام خميني(ره) حكمرياستجمهوري رجايي را تنفيذ كرد و 12 مرداد وي در جلسه علني مجلس شوراي اسلامي، مراسمتحليف را بجا آورد تا بدين ترتيب با انجام تمام مراحل مقرر در قانون، رسماً رئيسجمهور شود.
اولين اقدام رجايي انتخاب باهنر بود
رجايي در اولين اقدام خود پس از آنكه به سمت رياست جمهوري نائل شد، 12 مرداد ماه محمدجواد باهنر را بعنوان نخستوزير به مجلس شوراي اسلامي معرفي كرد.
باهنر كه در دوره نخستوزيري رجايي، وزير آموزش و پرورش كابينهاشبود، چهاردهم مرداد از مجلس رأي اعتماد گرفت و پس از آن نيز ديگر وزيران كابينه نيز 26 مرداد از مجلس رأي اعتماد گرفته و بدين ترتيب يك دولتتمام عيار انقلابي و مكتبي قوه مجريه را در اختيار گرفت.
از آنجا كه در زمان رياست جمهوري رجايي نخستوزير و كابينهاش نيز، همفكر وهمرأي با او بودند، برخلاف دوره رياستجمهوري بنيصدر، اين دوره از انسجام و هماهنگي بسيار بالايي برخوردار بود.
واقعهي هشتم شهريور و شهادت رجايي
محمدعلي رجايي كه چهره فرهنگي و از معلمان با سابقه آموزش و پرورش تهران بود، ابتدا وزارت آموزش و پرورش را عهدهدار شد و سپس در 1359 به نمايندگي مردم تهران وارد مجلس شوراي اسلامي شد.
وي 18 شهريور 1359 به نخست وزيري و پس از عزل بني صدر به رياست جمهوري رسيد.
مسئوليت رياست جمهوري رجايي تنها يك ماه دوام آورد و هشتم شهريور 1360 وي همراه با محمد جواد باهنر، نخست وزير كابينه بر اثر انفجار بمبي كه در ساختمان نخست وزيري كارگذارده شده بود، به شهادت رسيدند.
اين حادثه از جمله حوادث تروريستي سال 1360 بود كه سازمان مجاهدين خلق (منافقين) مرتكب شدند.