در ۱۹۸۸، بایدن دو مرتبه دچار پارگی مغزی شد، یک مرتبه در سمت راست و بار دیگر در سمت چپ. او مجبور شد دو مرتبه زیر تیغ جراحی پر ریسک با تأثیرات بلند مدت بر کارایی مغزی رود. دومین عمل برای درمان رگبرآمدگی در مه ۱۹۸۸ انجام شد.
بایدن در سال ۲۰۱۷ دردانشگاه پینسلوانیا ا مشغول به کار شد تا سیاست خارجی، دیپلماسی و امنیت ملی تدریس کند. او رئیس مرکز دیپلماسی و تعامل جهانی پن بایدن نیز هست. بایدن همچنین به مبارزه علیه سرطان میپردازد. و آن را «تنها چیز فراحزبی باقیمانده در آمریکا» میداند.
بایدن برای بیش از ۳۰ سال با سناتور جان مک کین از تندورترین افراد علیه ایران دوستی نزدیکی داشت. در سال ۲۰۱۸، مک کین در ۸۱ سالگی درگذشت. بایدن در مراسم تشییع جنازه مککین در فینیکس صحبت کرد. او سخنان خود را با «نام من جو بایدن است. من یک دموکرات هستم؛ و من جان مککین را دوست داشتم» آغاز کرد بایدن مککین را «برادر» خود نامید.