وی در ۴ تیرماه ۶۷ توسط امام خمینی (ره) به عضویت شورای نگهبان درآمد و در تاریخ ۲۵ تیر ۱۳۹۲ با حکم رهبر انقلاب ، به عنوان عضوی از فقهای شورای نگهبان در سمت خود ابقاء شد.
آیت الله یزدی در زمان ریاست ده سالهاش بر قوه قضائیه از سال ۶۸ تا ۷۸ خورشیدی، با این توجیه که باید «مسائل بانوان را کسی محرم با او، به او منتقل کند»، دخترش را به عنوان «سرپرست امور بانوان دستگاه قضایی» منصوب کرده بود.
رهبر انقلاب در تاریخ ۲۴ تير ۱۳۹۸ در احکام جداگانهای آقایان آیتالله یزدی و آیتالله آملیلاریجانی را با توجه به پایان یافتن دوره عضویت آنان در شورای نگهبان، مجدداً برای یک دوره جدید بهعنوان عضو فقهای این شورا منصوب کردند، ولی آیت الله یزدی با صدور پیامی در امسال از این مقام به علت کهولت سن استعفا داد.
آیتالله یزدی جزو حلقه اول درس خارج فقه امام خمینی (ره) در مسجد سلماسی قم بهشمار میرفتند و همین آشنایی موجب شد تا با شروع نهضت امام با ایشان همراه شوند.
ایشان درباره اولین دیدارشان با امام چنین میگویند:" اولین برخورد خصوصى قابل ذکر وقتى بود که توسط مرحوم اشراقى داماد حضرت امام (رض) احضار شدم و نمىدانستم مطلب چیست. پس از شرفیابى، با لطف و محبت خاصى امام فرمودند: «مردوخ کردستانى جزوهای نوشته است که نام شما در آن است من فرستادهام کتاب ـ گمشدۀ شما ـ را آوردند. فصل مربوط به ولایت را دیدم. خوب نوشته شده. این جزوه را دیدهاى»؟ عرض کردم، بله اتفاقاً چند روز قبل به دیدار آقاى فکور یزدى ـ که یکى از علماى معروف یزد در قم بودند ـ رفته بودم چنین جزوهای براى ایشان فرستاده شده بود به من دادند. امام فرمودند: «مىخواهى چه بکنى»؟ عرض کردم، قسمتى از آن را خواندهام یادداشتهایى هم نوشتهام مایل هستم تمام کنم جوابى بنویسم. امام فرمودند: «وقتى نوشتى بیاور من ببینم». فوقالعاده خوشحال شدم. نوشته در یکصد صفحه تهیه شد به نام «پاسخ تهمتهاى مردوخ» تقدیم کردم.
پس از مدتى در پایان یکى از جلسات درس اصول مسجد سلماسى لطف کردند و در یک صفحه به شکل حاشیه راهنمایىهایى فرموده بودند که مثلاً فلان کتاب مدرک معتبرترى است. نکتۀ اصلى این داستان طولانى این است که وقتى آمادۀ چاپ شد من نمىدانم از چه طریق خبر امکانات و شرایط مرا بدست آورده بودند، باز توسط مرحوم اشراقى احضار شدم. یک قطعه اسکناس یک هزار تومانى که تا آن وقت ندیده بودم به عنوان کمک به چاپ (که تمام هزینۀ چاپ همان بود) لطف کردند، سپس فرمودند: «فقط در جاهایى که اصل جزوه پخش شده این پاسخ پخش شود که ذهن دیگران بىجهت مشوب نگردد». "
ورود آیتالله یزدی به نهضت امام نیز از همان سال 43 آغاز شد. زمانی که ایشان سلسله سخنرانیهایی در مسجد امام حسن عسگری (ع) قم تحت عنوان «زندگی ما، افکار ما» که در آن از اصلاح امور مملکت سخن میگفت را آغاز کرد.
در این دوران ایشان حامل پیام امام راحل (ره) به علمای بلاد بودند. حضرت امام در نامههایی با توجه به جو فرهنگی شهرها و حضور اکثر جوانان در عصرهای جمعه در سینماها و مراکز فساد، خواسته بودند تا عصرهای جمعه جلسات اخلاقی برگزار کنند. یکی از آن جلسات، جلسه معروف مسجد امام حسن عسگری (ع) واقع در قم بود که هر یک از علماء 10 شب در آنجا به سخنرانی میپرداخت و آیتالله یزدی به جای 10 شب، 20 شب را در آنجا منبر رفتند.
بعد از تبعید امام خمینی در سال 43، آیتالله یزدی از مبلغان مرجعیت امام خمینی بودند و در منبرها اقدام به تبلیغ مرجعیت و افکار امام مینمود لذا در سال 1344 ساواک از سخنرانی او در مسجد آیتالله بروجردی کرمانشاه که آیتالله اشرفی اصفهانی امام جماعت آن بود، جلوگیری کرد و در سال 45 نیز ممنوعالمنبر شدند.
جامعه مدرسین حوزه علمیه قم که پیش از وفات آیتالله بروجردی به هیئت مدرسین معروف بود، بعد از شروع نهضت امام، به تدوین اساسنامه خود پرداخت و با حضور اعضای جدید، انسجام بیشتری بهخود گرفت و اهداف بزرگتری از جمله "دفاع از اسلام و ارزشهای اسلامی، اجرای قوانین اسلام، مبارزه با طاغوت و دفاع از حقوق مردم ستمدیده ایران" را در برنامه خود گنجاند.
آیتالله یزدی درباره فعالیتهای جامعه مدرسین در آن زمان میگویند: "یکی دیگر از کارهای بسیار مهم جامعه مدرسین در قبل از پیروزی انقلاب، اعلام مرجعیت حضرت امام بود. وقتی عوامل رژیم، امام (رحمتاللهعلیه) را دستگیر کردند ایشان عنوان مرجعیت نداشتند و براساس قانون اساسی مشروطه، مراجع دارای مصونیت بودند؛ برای همین جامعه مدرسین بلافاصله، با توجه به صلاحیت حضرت امام، در اطلاعیهای اعلام کردند که امامخمینی… جزء مراجع تقلید هستند و با این کار دست ساواک را برای هرگونه تعرض به جان امام بستند."
آیتالله یزدی که از اعضای جوان جامعه مدرسین بود در این دوران به سخنرانی و امضای بیانیههای جامعه مدرسین مبادرت کرد و همچون سایر اعضای جامعه تبعید شد.
اولین تبعید ایشان بعد از تظاهرات در شهر قم در پی مقاله توهینآمیز روزنامه اطلاعات علیه امام خمینی در سال 56 صورت گرفت که به بندر لنگه تبعید شدند. فعالیتهای افشاگرانه آیتالله یزدی در تبعید و تحریک مردم منطقه و ارتباط با روحانیان شهرهای اطراف و ترک تبعیدگاه در تاریخ 13 اسفندماه 56 به قصد تهران و از آنجا به قم، موجب شد محل تبعید او را از بندرلنگه به اسلام آباد غرب تغییر دهند.
نافرمانی از ساواک و شهربانی در تبعیدگاه جدید نیز ادامه یافت. او در اسلامآباد غرب با جوانان منطقه به فعالیت علیه رژیم پرداخت و در نهایت، ساواک کرمانشاه بر اثر نگرانی از این فعالیتها تقاضای تبعید وی به منطقه "کرند" غرب را داد. به رغم ممنوعالمنبری در تاریخ 29 تیرماه 1357 علیه شاه سخنرانی مفصلی ایراد کرد و در پی آن در نیمه شب 4 مرداد دستگیر شود.
جامعه مدرسین در تاریخ 17 مرداد سال 1360 اساسنامه خود را به ثبت رسانید کهدر آن هیئت موسس عبارتند بودند از حضرات آیات فاضللنکرانی، علیمشکینی، احمد جنتی، ابوالقاسمخزعلی، محمد یزدی و احمد آذریقمی. بعد از وفات آیتالله مشکینی در سال 86، آیتالله یزدی ریاست شورای عالی این نهاد حوزوی را برعهده گرفتند.
** فعالیتهای علمی و فرهنگی در دوران امام خمینی
آیتالله یزدی پس از تبعید امام (ره) و به توصیه ایشان به همراه آیات محمدی گیلانی، محمدتقی مصباح یزدی، حسین مظاهری و موسوی یزدی بحثهای فقهی و تفسیری راجع به مسائلی همچون خمس، حکومت و ولایت داشتند که مباحث مربوط به ولایت به صورت کتابی تحت عنوان «امامت در شیعه» به چاپ رسید.
همکاری با نشریات مخفی حوزه همچون بعثت و انتقام که محتوای آن را مقابله و مبارزه با طرحها و اقدامات حکومت پهلوی و هیئت حاکمه کشورها و رژیمهای استعمارگر خارجی به ویژه آمریکا، ایدئولوژی مبارزه اسلامی، مطرح کردن مبارزات انقلابی جهان اسلام، اصلاح حوزه و اخبار مرتبط با نهضت روحانیت بود. تشکیل میداد.
آیتالله یزدی همچنین در قم و تهران جلساتی را به صورت مخفی تشکیل میداد و با افراد و جریانهای گوناگون به تبادل نظر میپرداخت که به جلسات زیرزمینی شهرت یافته بود. در این جلسات زیر زمینی اعلامیههای حضرت امام (ره) را چاپ و تکثیر میکردند و به شهرستانها ارسال میشد.
در اینجا باید به نامه امام خمینی به تاریخ 14 اسفند 46 به آیتالله یزدی اشاره کرد که امام در این نامه وعده پیروزی انقلاب را داده و مینویسند "با اطمینان نفس به شما آقایان محترم وعدۀ فرج قریب میدهم، چه عمر من در این آخر وقت به آن برسد یا نه. آتشی که در کانون سینهها و قلبها روشن شده است، خاموش شدنی نیست یا لااقل به این زودی خاموش نخواهد شد و ممکن است شماها شاهد انفجار عظیم آن باشید.
آیتالله محمد یزدی همچنین بهمن ماه 1360 برای اولینبار در جایگاه نماز جمعه تهران بهعنوان هشتمین خطیبی که این جایگاه به خود دیده است قرار گرفت. وی بین سالهای 68 تا 78 بیشترین حضور را در نماز جمعه تهران داشت، اما سال 82 بهدلیل کسالت از این سمت استعفا داد.
ایشان در جریان باند مهدی هاشمی و ماجرای آیتالله منتظری نیز قاطعانه ایستادگی داشتند و به گفته خودشان " من در رساندن بخشی از پرونده اصفهان و گروه مهدی هاشمی به امام (ره) نقش داشتم. یعنی خودم از اصفهان گرفته بودم و خودم به امام (ره) داده بودم. خطر جریان جاری در دفتر آقای منتظری، برای ما که در متن حادثه بودیم، بسیار روشن بود.