۲۰۰۰ باکتری ناشناخته در روده انسان ساکن است

به گزارش گروه فناوری خبرگزاری دانشجو، پژوهشگران مؤسسه بیوانفورماتیک اروپا (EMBL) و مؤسسه ولکام سنگر (Wellcome Sanger Institute) انگلیس، حدود دو هزار نوع باکتری شناسایی کرده‌اند که در روده انسان زندگی می‌کنند. آن‌ها برخی از این باکتری‌ها را در آزمایشگاه کشت کرده‌اند و برای تحلیل نمونه‌های به دست آمده از ساکنان مناطق گوناگون، روش‌های محاسباتی را به کار برده‌اند.

این بررسی نشان می‌دهد با وجود اینکه پژوهشگران، به ایجاد فهرستی از میکروب‌هایی که به طور متداول در روده ساکنان آمریکای شمالی و اروپا وجود دارند نزدیک می‌شوند، اما هنوز فقدان قابل توجهی در داده‌های مربوط به دیگر نواحی جهان به چشم می‌خورد.

روده انسان، سکونت‌گاه بسیاری از میکروب‌هاست که به طور کلی «میکروبیوتای روده» (gut microbiota) نامیده می‌شوند. پژوهشگران به رغم مطالعات بسیار در این حوزه، هنوز برای شناسایی میکروب‌های ساکن در روده و درک نقش آن‌ها در سلامت انسان تلاش می‌کنند.

اینکه چرا برخی از گونه‌های میکروب که بخشی از میکروبیوتای روده هستند تاکنون ناشناخته مانده‌اند، دلایل گوناگونی دارد. پژوهشگران با استفاده از روش‌های محاسباتی توانستند ژنوم این باکتری‌ها را بازسازی کنند.

راب فین (Rob Finn)، سرپرست این گروه پژوهشی گفت: روش‌های محاسباتی به ما امکان می‌دهند باکتری‌هایی که قابل کشت در آزمایشگاه نیستند، بشناسیم. به کار بردن «متاژنومیکس» (metagenomics) برای بازسازی ژنوم‌های باکتری، تقریباً به بازسازی صد‌ها قطعه در هم ریخته پازل شباهت دارد. متاژنومیکس، مطالعه مواد ژنتیکی به دست آمده از نمونه‌های محیطی است. اکنون ما برای تکمیل کار آزمایشگاهی خود، از ابزار محاسباتی استفاده می‌کنیم تا به بینش‌های جدیدی در مورد روده انسان دست یابیم.

 

این پژوهش، تفاوت باکتری‌های روده افراد گوناگون را در سراسر جهان مشخص می‌کند و اهمیت آن‌ها را در بررسی‌ها نشان می‌دهد.

فین افزود: ما گونه‌های بسیاری از باکتری را در داده‌های به دست آمده از ساکنان اروپا و آمریکای شمالی بررسی کرده‌ایم، اما مجموعه داده‌های کمی در مورد ساکنان آمریکای جنوبی و آفریقا در اختیار داریم. جمع‌آوری داده‌های مربوط به مناطق محروم، تأثیر مهمی در ارائه یک تصویر جامع از ترکیب روده انسان دارد.

الکساندر آلمیدا (Alexandre Almeida)، از پژوهشگران این پروژه گفت: روش‌های محاسباتی به ما کمک می‌کنند ایده‌ای در مورد گونه‌های باکتری ساکن در روده انسان، تکامل آن‌ها و نقش آن‌ها در جامعه میکروب‌ها به دست بیاوریم. ما در این پژوهش، جامع‌ترین مجموعه داده‌ها را در مورد باکتری‌های سیستم گوارش بررسی کردیم تا گونه‌های ناشناخته باکتری را شناسایی کنیم. روش‌های تحلیلی مورد استفاده ما، در آینده برای مجموعه داده‌های بزرگ‌تر و متنوع‌تر کاربرد خواهند داشت و امکان اکتشافات بیشتر را فراهم خواهند کرد.

«تروور لاولی» (Trevor Lawley)، از پژوهشگران این پروژه گفت: پژوهش‌هایی از این دست می‌توانند به ما در درک بهتر سلامت و بیماری‌های انسان کمک کنند و به تشخیص و درمان بهتر بیماری‌های گوارشی منجر شوند.

این پژوهش، در مجله Nature به چاپ رسید.